EVENTO
Predição de Novo de Estrutura de Proteínas Assistida por Contatos
Tipo de evento: Exame de Qualificação
A predição de estrutura de proteínas é um dos propósitos mais importantes da biologia molecular computacional e possui como objetivo determinar a estrutura tridimensional de proteínas a partir de suas sequências de aminoácidos. O conhecimento dessa estrutura pode auxiliar na interpretação e obtenção de resultados com importantes impactos na saúde e no bem estar da humanidade. O objetivo científico desse trabalho está associado com o desenvolvimento de estratégias para predição de estrutura de proteínas utilizando mapa de contatos de proteínas. Para isso foi usado como base o programa de predição de estrutura de proteínas GAPF (Genetic Algorithm for Protein Folding), desenvolvido no grupo de pesquisa GMMSB/LNCC. Este programa está em contínuo aperfeiçoamento e utiliza um algoritmo genético steady-state de múltiplos mínimos para prever a estrutura de proteínas. Apesar dos avanços alcançados nos últimos anos, entre eles, a participação no CASP11, o programa ainda precisa melhorar sua capacidade preditiva, principalmente com relação à predição de proteínas que apresentam folhas-β em sua estrutura e de proteínas com mais de 100 resíduos em sua sequência. O uso de mapas de contatos de proteínas em metodologias para predição De Novo de estrutura de proteínas vem se mostrando promissor e obteve destaque nas duas últimas versões do CASP (CASP10 e CASP11). Nesse contexto, propõem-se incorporar ao algoritmo de predição de estruturas de proteínas do programa GAPF as informações contidas em mapas de contato de proteínas, buscando a melhora da capacidade preditiva do programa através do: (i) desenvolvimento e implementação de um novo termo na função de avaliação da energia, associado aos contatos; (ii) uso conjunto das informações da predição de estrutura secundária e mapa de contatos; e (iii) desenvolvimento de diferentes estratégias associadas ao uso simultâneo de dois ou mais mapas de contatos. Com isso, espera-se contribuir com a comunidade científica para o avanço das teorias e metodologias na área de predição De Novo de estrutura de proteínas.
Data Início: 13/04/2016 Hora: 13:30 Data Fim: 13/04/2016 Hora: 16:30
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Karina Baptista dos Santos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Fabio Lima Custodio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI João Nisan Correia Guerreiro - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Paulo Mascarello Bisch - Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF/UFRJ
